Город обладает довольно мощным портовым комплексом, при этом Калининград - российский порт на побережье Балтийского моря, единственный незамерзающий порт России на Балтике. В Калининграде расположены причалы морского торгового и морского рыбного портов. Акватории морского торгового и рыбного портов граничат друг с другом и включают три искусственных гавани: Вольную, Индустриальную, Лесную и часть реки Преголи. От их работы в том числе зависят объемы перевозок железной дороги, автомобильных предприятий.
Площадь Калининградского морского рыбного порта составляет 70,77 га, его инфраструктура включает более 17 км железнодорожных путей и 50 стрелочных переводов, наливной терминал емкостью 25 тыс. куб. м, терминал навалочных грузов мощностью 18 тыс. тонн, топливно-грузовой комплекс емкостью 46 тыс. куб. м и складское хозяйство - 13 тыс. кв. м крытых складов и 48 тыс. кв. м открытых складских площадок, 9 портальных кранов грузоподъемностью до 5 тонн. В состав порта входит в том числе удаленный морской терминал "Пионерский". Указом Президента России от 30.10.2017 N 521 ФГУП "Калининградский морской рыбный порт" был включен в состав ФГУП "Нацрыбресурс". В течение ближайших 4-5 лет планируется реализация инвестиционных проектов по модернизации портовой инфраструктуры.
Открытое акционерное общество "Калининградский морской торговый порт" располагает 20 причалами общей длиной более 3 км, 18 из которых являются грузовыми. Глубины вдоль них колеблются от 8 до 9 м. Общая длина причальной линии в порту - 3170 м. В торговом порту могут переваливаться различные виды сухих грузов: уголь, кокс, руды, металлы, ферросплавы, металлопрокат, зерно, сахар, удобрения, контейнеры, лесные грузы, продовольственные и рефрижераторные грузы, бумага, целлюлоза. На территории порта работают производства по фасовке минеральных удобрений, по доработке таких грузов, как коксовая крошка, пиломатериалы. Порт имеет прямой договор с ОАО "РЖД" на экспедирование грузов по железной дороге.
Следует отметить, что выход на проектную мощность портового комплекса в Усть-Луге должен обеспечить устойчивое железнодорожно-паромное сообщение с Калининградской областью.