Ключевыми проблемами транспортного развития являются:
1. Резкое увеличение расходов областного бюджета на возмещение организациям железнодорожного транспорта недополученных доходов, возникающих вследствие государственного регулирования тарифов, обусловленное в значительной степени ростом затрат перевозчиков на услуги, оказываемых ОАО "Российские железные дороги", увеличением собственных расходов АО "ППК "Черноземье", а также изменением методики распределения доходов, а, следовательно, и объемных показателей работы пригородного железнодорожного транспорта, при выполнении межсубъектных перевозок.
2. Высокая степень изношенности подвижного состава пассажирского транспорта.
3. Ограниченные возможности областного бюджета по возмещению перевозчикам недополученных доходов, возникающих в результате установления социально ориентированных тарифов на услуги по перевозке пассажиров.
В первоочередном порядке необходимо решение следующих проблем:
1. Принятие на федеральном уровне решения о долгосрочном применении льготного исключительного тарифа на услуги железнодорожного транспорта общего пользования, оказываемые ОАО "Российские железные дороги", при осуществлении перевозок пассажиров железнодорожным транспортом общего пользования в пригородном сообщении, а также 0-процентную ставку НДС в части услуг по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении.
2. Обеспечение федерального нормативного правового регулирования ставок арендной платы на услуги, оказываемые ОАО "Российские железные дороги" пригородным компаниям.
3. Обновление автомобильного и железнодорожного подвижного состава пассажирского транспорта на условиях софинансирования из федерального бюджета.
4. Обеспечение полной компенсации потерь в доходах от государственного регулирования тарифов и безубыточной деятельности АО "ППК "Черноземье".
5. Решение вопроса софинансирования из федерального бюджета расходов по пригородным железнодорожным межсубъектным маршрутам.