Основными рисками при реализации КПТО являются:
увеличение финансовой нагрузки на перевозчиков Оренбургской области в связи с реализацией мероприятий по обеспечению транспортной безопасности в рамках законодательства Российской Федерации, что не позволит использовать в достаточном объеме собственные средства для обновления подвижного состава и модернизации производственно-технических баз предприятий;
отсутствие государственного участия в финансировании проектов развития транспортной инфраструктуры с низкой для бизнеса инвестиционной привлекательностью из-за высокой капиталоемкости и длительных сроков окупаемости;
повышение тарифных ставок ОАО "РЖД";
снижение темпов экономического роста Оренбургской области, влекущее ограничение платежеспособности и мобильности населения.