Информация о лесах Республики Алтай, расположенных в границах особо охраняемых природных территорий, приведена в приложении 5.
Республика Алтай располагает одной из самых развитых сетей особо охраняемых природных территорий (ООПТ) в стране (51 объекта), которая в настоящее время включает 2 биосферных заповедника, 1 национальный парк, 4 природных парка, 2 биологических заказника, Горно-Алтайский ботанический сад и 41 памятника природы регионального значения.
Общая площадь этих ООПТ составляет 2,32 млн га или 25% от территории республики.