В соответствии с приказом Министерства природных ресурсов и экологии РФ от 18 августа 2014 года N 367 "Об утверждении перечня лесорастительных зон Российской Федерации и Перечня лесных районов Российской Федерации" леса Республики Алтай отнесены к Южно-Сибирской горной зоне и занимают два лесных района: Алтае-Саянский горно-таежный и Алтае-Саянский горно-лесостепной (приложение N 3).
Алтае-Саянский горно-лесостепной район занимает южную часть территории республики и включает в себя систему Чуйских белков и Курайского хребта, Чулышманский хребет с островами древних плоскогорий, плоскогорье Укок и Чулышманское и две высокогорные котловины - Чуйскую и Курайскую. Вертикальная зональность следующая: опустыненные степи (1500 - 2000 м над уровнем моря), лесной пояс (1200 - 2400 - 2600 м), тундрово-нивальный (2400 - 4000 м). Данный лесной район представлен Кош-Агачским лесничеством, южной частью Улаганского и Усть-Коксинского лесничеств и занимает 764,3 тыс. га или 12,5% территории лесов республики.
Остальную часть территории республики занимает Алтае-Саянский горно-таежный лесной район и в его состав вошли остальные лесничества, общая площадь которых составляет 5328,5 тыс. га или 87,5% территории лесов республики. Здесь располагаются лиственные леса, черневая и темнохвойная тайга.
Березово-сосновый пояс представлен сосновыми, березовыми и осиновыми насаждениями с примесью пихты сибирской (Abies sibirica), сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica). Пояс темнохвойных лесов представлен смешанными древостоями из пихты сибирской (Abies sibirica), ели сибирской (Picea obovata), сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica). В качестве примеси встречаются мягколиственные породы: береза повислая (бородавчатая) и пушистая (Betula pendula, Betula pubescens), осина (Populus tremula). Выше в горах, в таежно-лиственничном поясе, произрастает лиственница сибирская (Larix sibirica) с елью сибирской (Picea obovata), сосной кедровой сибирской (Pinus sibirica). В качестве примеси встречается береза повислая (бородавчатая) и пушистая (Betula pendula, Betula pubescens).
Наличие на территории республики двух лесных районов обусловило зональные особенности лесов Горного Алтая. Для горных лесов характерно видовое изменение древесной, кустарниковой растительности, живого напочвенного покрова не только с севера на юг, но и в зависимости от высоты над уровнем моря. С севера на юг и от вершин гор к подножьям в живом напочвенном покрове уменьшается участие мхов и кустарничков и увеличивается роль травянистых растений. Повышается сомкнутость и высота древесного яруса, увеличивается интенсивность роста деревьев в высоту и по диаметру, а в результате повышается продуктивность древостоев. С продвижением от вершин до подножий гор повышается класс бонитета, полнота, прирост и запас древесины на 1 га. Более разнообразный состав лесов и более высокие средние таксационные показатели Алтае-Саянского горно-таежного лесного района обусловлены более благоприятным климатом и лучшими почвами.