Стратегия выделяет следующие основные проблемы развития морской деятельности Российской Федерации:
в развитии морского транспорта и атомного флота:
малая доля судов, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации, в тоннаже мирового торгового флота, недостаточное участие российского торгового флота в глобальных международных перевозках;
необходимость приведения систем обеспечения безопасности мореплавания Крымского полуострова в соответствие со стандартами систем обеспечения безопасности мореплавания в других регионах Российской Федерации;
устаревший парк судов атомно-технологического обслуживания, не позволяющий обеспечить необходимое технологическое обслуживание строящихся новых ледоколов с различными новыми типами ядерных реакторов и активных зон;
устаревшая система лоцманского обеспечения торгового мореплавания, не гарантирующая эффективного лоцманского обеспечения во всех морских портах Российской Федерации;
наличие административных барьеров, избыточных и дублирующих требований к судам, плавающим под Государственным флагом Российской Федерации;
в освоении и сохранении ресурсов Мирового океана в целях развития рыболовства и рыбоводства (аквакультуры):
отставание от принятых норм уровня удовлетворения физиологических потребностей граждан Российской Федерации в протеине морского происхождения, отрицательно влияющее на качество и продолжительность жизни населения;
высокий уровень экономических потерь от незаконного оборота водных биологических ресурсов, добытых в акваториях, находящихся под юрисдикцией Российской Федерации;
физическое и моральное старение рыбопромыслового флота и недостаточный объем строительства и модернизации судов рыбопромыслового флота на отечественных судостроительных предприятиях;
недостаточный уровень развития инфраструктуры терминалов морских портов, предназначенных для комплексного обслуживания судов рыбопромыслового флота;
несовершенство законодательства Российской Федерации, регулирующего отношения в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов, а также недостаточный уровень внедрения систем дистанционного контроля за промысловой деятельностью;
низкий уровень промысла рыбы и других морепродуктов судами, плавающими под Государственным флагом Российской Федерации, и судами российских рыбопромысловых компаний в исключительных экономических зонах иностранных государств и открытых районах Мирового океана;
в освоении и сохранении ресурсов Мирового океана в целях развития исследования и освоения месторождений морских минеральных и энергетических ресурсов:
уменьшение объемов разведочных работ на шельфе, обусловленное снижением государственных и частных инвестиций в геологоразведку, а также перенос бурения и сейсморазведки на шельфе на более поздний период;
введение рядом государств ограничений, распространяющихся на отдельные российские нефтегазовые компании, поставки современных технологий и оборудования, используемых для разведки и разработки российских глубоководных, морских арктических и сланцевых месторождений, а также на привлечение долгосрочного финансирования;
недостаточно развитая отечественная научно-техническая база разработок новых методов и средств поиска, разведки и добычи полезных ископаемых, которая сдерживает освоение морских минеральных и энергетических ресурсов;
отсутствие в законодательстве Российской Федерации нормативно-правового регулирования добычи полезных ископаемых международного района морского дна;
в развитии морских научных исследований:
сокращение комплексных экспедиционных научных исследований в ключевых районах Мирового океана, необходимых для воспроизводства ресурсной базы, предупреждения и уменьшения опасных последствий стихийных бедствий, а также для постоянного мониторинга природных, антропогенных и техногенных явлений глобального и регионального масштабов;
изношенность научно-исследовательских судов, в первую очередь океанического типа, в том числе многоцелевых, для проведения разведочных работ в целях исследования твердых полезных ископаемых дна Мирового океана, а также отсутствие технических средств нового поколения для морских научных и ресурсных исследований;
в развитии военно-морской деятельности:
сохраняющиеся территориальные притязания к Российской Федерации и незавершенность процесса международно-правового оформления морских пространств;
несовершенство законодательства Российской Федерации в области нормативно-правового регулирования мобилизационной подготовки и мобилизации в сфере морской деятельности, ограничивающее возможности по призыву российских морских судов в состав Вооруженных Сил Российской Федерации в период мобилизации, а также в мирное время при проведении специальных операций;
изношенность корабельного состава органов федеральной службы безопасности и пунктов его базирования, а также недостаточный уровень оснащения современным корабельным составом, необходимым для эффективного решения задач пограничной деятельности на морских направлениях;
в развитии судостроения и кораблестроения:
несоблюдение сроков строительства кораблей и судов из-за нерешения вопросов по импортозамещению;