1. Высокая зависимость производства в ряде ключевых регионов-производителей от природно-климатических факторов
2. Снижение плодородия почв
3. Высокая зависимость от импорта средств защиты растений, машин и оборудования, а также семян кукурузы
4. Высокие логистические издержки, связанные с неразвитостью инфраструктуры зернового рынка и значительным отдалением ряда основных зон производства от конечных рынков
5. Различная динамика цен сельскохозяйственной продукции и цен материально-технических ресурсов
6. Высокая степень закредитованности сельскохозяйственных производителей в ряде ключевых регионов - производителей зерна
7. Низкая обеспеченность квалифицированными трудовыми ресурсами
8. Снижение научного потенциала отрасли
9. Технологическое отставание
10. Концентрация в ряде отраслей у нескольких игроков-поставщиков значительной доли рынка средств производства и услуг для зернового комплекса (поставка горюче-смазочных материалов, железнодорожные перевозки зерновых)
11. Снижение численности населения сельских территорий