Требования к формату образовательного процесса регулируются методическими рекомендациями и иными методическими материалами, утверждаемыми Федеральным оператором.
Базовым форматом образовательного процесса в рамках реализации тематических направлений Кампуса является проектная деятельность. Результатом работы может стать реализация проектной идеи в команде. Проекты должны носить формат законченных научных исследований или инженерных разработок в виде прототипов продукта. Работа с участниками строится в проектном залоге, с погружением и разработкой всех этапов жизненного цикла проекта: от замысла до его практической реализации.
Для инженерных проектов обязательна реализация полного жизненного цикла изделия, применение при проектировании основ системной инженерии, анализ потенциального рынка, решение задач с внутренним и внешним заказчиками.
Особенностью проектной деятельности является использование методов гибкой оперативной разработки и работа над проектом в режиме распределенной команды. Это означает, что любой Кампус должен являться соисполнителем крупных проектов, рекомендованных Федеральным оператором, выполнять их в кооперации с другими Кампусами, детскими технопарками "Кванториум" и другими учреждениями дополнительного образования детей, а также участвовать в сезонных школах, посвященных сборке подобных проектов. По окончанию программы Кампусы молодежных инноваций должны осуществлять презентацию текущих и выполненных проектов, в том числе с привлечением родительского сообщества. Кампусы должны освещать свою деятельность в интернете, в том числе публиковать информацию о реализации указанных проектов.