Пропускная способность грузовых терминалов порта Махачкала составляет 11 млн. тонн в год. На территории порта осуществляет деятельность один оператор морских терминалов (акционерное общество "Махачкалинский морской торговый порт").
Площадь территории морского порта равняется 59,3 гектара, а площадь акватории порта - 5,58 кв. километра. В порту имеется 20 причалов, общая длина которых составляет 2113 погонных метров. В порту также располагаются складские помещения, крытые и открытые, площадь которых составляет 2,02 и 44,2 тыс. кв. метров соответственно. Кроме того, для удобства обслуживания перевозчиков зерна имеется емкость для хранения зерна объемом 18 тыс. тонн. Морской порт принимает суда длиной до 150 метров с осадкой до 4,5 метра в Сухогрузной гавани и до 6,5 метра в Нефтяной гавани.
В настоящее время порт Махачкала является наиболее загруженным российским портом, его мощности заняты на 30 процентов общего объема пропускных способностей порта. Основной специализацией порта является перевалка наливных грузов, мощности которых загружены на 51,6 процента. В случае роста грузопотока необходимо предусмотреть расширение их пропускных способностей. Как и в порте Оля, с 2011 по 2016 годы в порте Махачкала сократилась перевалка черных металлов (с 270 до 34,5 тыс. тонн), при этом значительно вырос объем перевалки зерна (с 51 до 332 тыс. тонн), что позволяет говорить о целесообразности увеличения существующих площадей по хранению зерна.
Основной специализацией порта Махачкала является перевалка нефти, за 2016 год ее объем составил 2,8 млн. тонн или 87 процентов общего грузооборота. Значительная часть этой нефти является транзитной. Трубопровод Махачкала - Новороссийск позволяет переваливать через порт большое количество нефти из Туркменистана и Казахстана. В связи с сокращением поставки сухих грузов через порт Махачкала настоящая Стратегия предусматривает размещение на части сухогрузных площадей базы Каспийской флотилии Военно-Морского Флота Российской Федерации, которая позволит увеличить скорость развертывания военных морских сил, и, таким образом, увеличить обороноспособность государства в Каспийском регионе.
Развитие порта ограничено территориально, поскольку вокруг него имеется плотная городская застройка, свободные земельные участки под развитие порта в федеральной собственности отсутствуют. Кроме того, существуют аналогичные проблемы с развитием транспортных подходов к порту в связи с тем, что существующие магистрали, проходящие через городскую территорию, перегружены и не рассчитаны на рост грузопотоков. Также в настоящее время в акватории порта Махачкала существуют естественные природные ограничения, не позволяющие организовать возможность захода крупнотоннажных судов.