Основным источником финансирования создания Системы являются средства федерального бюджета, выделяемые в рамках реализации мероприятий федерального проекта.
При необходимости доработки и развития информационных систем участников Системы необходимо предусмотреть следующий порядок их финансирования:
федеральные государственные информационные системы и иные информационные системы федеральных органов исполнительной власти, введенные в эксплуатацию до ввода в эксплуатацию единой информационной платформы, в части интеграции с единой информационной платформой - за счет средств федерального бюджета в рамках реализации мероприятий федерального проекта;
федеральные государственные информационные системы, введенные в эксплуатацию до ввода в эксплуатацию единой информационной платформы, в части иных доработок, необходимых для реализации Системы, - за счет средств федерального бюджета, в том числе в рамках реализации мероприятий федерального проекта;
региональные государственные информационные системы - за счет средств соответствующих бюджетов, а также за счет средств, выделяемых в рамках реализации федерального проекта;
иные информационные системы - за счет средств собственников таких систем, а также за счет иных источников финансирования.
Создание, эксплуатация и развитие (модернизация) Системы может осуществляться с использованием средств государственных институтов развития, внебюджетных источников финансирования, механизмов концессионных соглашений и государственно-частного партнерства.