Требования к формату образовательного процесса регулируются методическкми рекомендациями и иными методическими материалами, утверждаемыми Федеральным оператором.
Базовым форматом образовательного процесса является проектная деятельность.
В ходе работы над проектом должны быть реализованы проекты как внутри квантумов, так и совместные межквантумные проекты. Межквантумные проекты должны носить формат законченных научных исследований или инженерной разработки в виде выполненного продукта. Для инженерных проектов обязательным является реализация полного жизненного цикла изделия, применение при проектировании основ системной инженерии, анализа потенциального рынка, решение задач с внутренним и внешним заказчиком.
Особенностью проектной деятельности является использование методов гибкой оперативной разработки и работа над проектом в режиме распределенной команды. Это означает, что любой детский технопарк "Кванториум" должен являться соисполнителем крупных проектов, рекомендованных Федеральным оператором, выполнять их в кооперации с другими детскими технопарками "Кванториум", а также участвовать в сезонных школах, посвященных сборке подобных проектов. Ежемесячно детские технопарки "Кванториум" должны осуществлять презентацию текущих и выполненных проектов, в том числе с привлечением родительского сообщества. Информацию об указанных проектах должна размещаться детскими технопарками "Кванториум" в сети "Интернет".