Для целей непрерывного улучшения СМК в РК могут вноситься изменения не чаще двух раз в год. Такие изменения могут быть связаны с итогами проведенного внешнего или внутреннего аудита и необходимостью устранения выявленных несоответствий и реализации полученных предложений. Изменения также могут вноситься в случае появления факторов, рисков, влияющих на результаты деятельности ФНС России.
Вносимые изменения и дополнения производятся с учетом имеющихся у ФНС России ресурсов (раздел 7 настоящего РК), структуры распределения или перераспределения обязанностей, ответственности работников ФНС России за реализацию и соблюдение положений СМК и их полномочий.