Предельная численность работников структурных подразделений ЦА ФНС России, ТНО установлена внутренними распорядительными документами ФНС России, утвержденными в соответствии с положениями постановления Правительства Российской Федерации, регулирующего предельную численность федеральных государственных гражданских служащих.
Для целей обеспечения выполнения плановых показателей деятельности и эффективного функционирования процессов ФНС России разработана и утверждена организационная структура, определяющая структуру ответственности руководителя ФНС России и его заместителей за деятельность ЦА ФНС России, ТНО и ПО, закрепляющая структуру подчиненности.