Министерство осуществляет управление и текущий контроль за ходом выполнения подпрограммы, организует систему непрерывного мониторинга, определяет результаты и производит оценку реализации подпрограммы.
Текущий контроль за исполнением мероприятий подпрограммы осуществляется министерством.
Внутренний государственный финансовый контроль за соблюдением бюджетного законодательства Российской Федерации и иных нормативных правовых актов, регулирующих бюджетные правоотношения, и контроль за полнотой и достоверностью отчетности о реализации подпрограммы осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета на реализацию подпрограммы осуществляет Счетная палата Красноярского края.
Отчет о реализации подпрограммы за первое полугодие представляется министерством одновременно в министерство экономики и регионального развития Красноярского края и министерство финансов Красноярского края не позднее 10 августа отчетного года.
Годовой отчет о ходе реализации подпрограммы министерством представляется в министерство экономики и регионального развития Красноярского края, министерство финансов Красноярского края до 1 марта года, следующего за отчетным.