Организация и контроль реализации программных мероприятий осуществляются Министерством здравоохранения Алтайского края.
Министерство здравоохранения Алтайского края ежеквартально до 20 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляет в Министерство экономического развития Алтайского края отчет о ходе выполнения ведомственной целевой программы с приложением пояснительной записки, содержащей аналитическую информацию о реализации программы, описание возникающих проблем и предложения по их решению, а также анализ эффективности использования бюджетных средств. Ежегодный отчет по установленной форме направляется в Министерство финансов Алтайского края не позднее 25 января года, следующего за отчетным.