Структура и перечень подпрограмм соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные сферы сельского хозяйства: производство сельскохозяйственной продукции, ее переработку, технико-технологическое, кадровое и информационное обеспечение сельского хозяйства, государственное регулирование отношений в сфере сельского хозяйства.