К основным проблемам агропромышленного комплекса региона относятся:
- диспаритет цен: низкий уровень закупочных цен на сельскохозяйственную продукцию на фоне постоянно растущих цен на энергоносители и расходные материалы;
- проблема сбыта сельскохозяйственной продукции (низкие закупочные цены, недостаточный уровень развития рыночной инфраструктуры, неразвитость рыночных механизмов - зерновая биржа, электронные торги и т.д.);
- недостаточный темп технического перевооружения производств, обновления оборудования и совершенствования технологических процессов;
- недостаточные темпы социального развития сельских территорий и, как следствие, ухудшение социально-демографической ситуации, дефицит квалифицированных кадров и их отток из-за низкого уровня доходов в сельскохозяйственном производстве;
- угроза распространения особо опасных болезней животных;
- дефицит финансовых ресурсов.