Стратегическими целями Государственной программы являются:
повышение доступности и качества оказания медицинской помощи населению Республики Марий Эл;
повышение продолжительности и улучшение качества жизни населения Республики Марий Эл;
снижение уровня заболеваемости, инвалидизации и смертности населения Республики Марий Эл.
При этом должно осуществляться формирование трехуровневой системы здравоохранения, обеспечивающей доступность медицинской помощи и повышение эффективности медицинских услуг, объемы, виды и качество которых должны соответствовать уровню заболеваемости и потребностям населения, передовым достижениям медицинской науки.