5.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Сахалинской области в установленном порядке.
5.2. Руководитель Агентства:
5.2.1. осуществляет непосредственное руководство деятельностью Агентства на принципах единоначалия;
5.2.2. несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Агентство задач и осуществление им своих функций;
5.2.3. в соответствии с предельной штатной численностью и фондом оплаты труда утверждает штатное расписание Агентства;
5.2.4. утверждает смету расходов на содержание Агентства в пределах средств, предусмотренных в областном бюджете, а также рассматривает и утверждает смету доходов и расходов подведомственных учреждений;
5.2.5. назначает и освобождает от занимаемой должности руководителей подведомственных учреждений в соответствии с действующим законодательством;
5.2.6. действует без доверенности при представлении интересов Агентства во всех органах и организациях, включая судебные;
5.2.7. заключает в пределах бюджетных ассигнований государственные контракты (договоры), подписывает финансовые документы, обеспечивает соблюдение финансовой и учетной дисциплины;
5.2.8. осуществляет полномочия представителя нанимателя в отношении государственных гражданских служащих Агентства;
5.2.9. утверждает положения о структурных подразделениях и должностные регламенты государственных гражданских служащих Агентства;
5.2.10. решает в соответствии с законодательством о государственной гражданской службе Российской Федерации и Сахалинской области вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Агентстве;
5.2.11. вносит в министерство финансов Сахалинской области предложения по формированию областного бюджета и финансированию подведомственных Агентству учреждений;
5.2.12. обеспечивает контроль за состоянием охраны труда и техники безопасности в Агентстве и подведомственных учреждениях;