5.1. Руководство Комитетом осуществляет председатель Комитета, который назначается на должность главой городского округа "Город Калининград".
5.2. Председатель Комитета действует без доверенности от имени Комитета, руководит деятельностью Комитета на принципах единоначалия, представляет интересы Комитета в государственных органах, на предприятиях, в организациях, учреждениях, в пределах своей компетенции может давать указания руководителям подведомственных муниципальных учреждений, издавать приказы, обязательные для исполнения работниками Комитета и руководителями подведомственных муниципальных учреждений, выдавать доверенности на представление интересов Комитета.
5.3. Структурными подразделениями Комитета являются управление и два самостоятельных отдела, не входящих в состав управления:
5.3.1. Отдел опеки и попечительства над несовершеннолетними;
5.3.2. Правовой отдел;
5.3.3. Управление общего образования, состоящее из:
- отдела школьного образования;
- отдела дошкольного образования;
- отдела дополнительного образования;
- отдела развития.
5.4. Задачи, функции и полномочия структурных подразделений Комитета определяются их положениями, утвержденными главой городского округа "Город Калининград".
5.5. Для осуществления возложенных задач и функций Комитет вправе образовывать постоянно действующие и временные советы, комиссии, рабочие группы.
5.6. Для определения стратегии развития муниципальной системы образования, решения наиболее значимых вопросов при Комитете создается совещательный орган - коллегия, которая осуществляет свою деятельность в соответствии с положением о коллегии, утвержденным приказом председателя Комитета.
5.7. Финансирование Комитета осуществляется за счет средств бюджета городского округа "Город Калининград".