6.1. Комитет возглавляет председатель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Дагестан.
6.2. Председатель имеет заместителей, в том числе одного первого, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Республики Дагестан по его представлению.
6.3. Председатель:
6.3.1. осуществляет общее руководство деятельностью Комитета на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Комитет функций, организацию работы Комитета, организацию деятельности по защите государственной тайны и за состояние антикоррупционной работы в Комитете;
6.3.2. утверждает положения о структурных подразделениях Комитета, назначает на должность и освобождает от должности работников Комитета, распределяет обязанности между заместителями председателя;
6.3.3. издает в пределах своей компетенции приказы и распоряжения, подлежащие обязательному исполнению работниками Комитета, организует контроль за их исполнением;
6.3.4. осуществляет оценку эффективности деятельности заместителей председателя, руководителей структурных подразделений и работников Комитета на основании перечня показателей эффективности, утвержденного приказом Комитета;
6.3.5. утверждает в пределах установленной численности работников, фонда оплаты труда и бюджетных ассигнований штатное расписание, смету расходов на содержание аппарата Комитета;
6.3.6. организует профессиональную переподготовку и повышение квалификации работников Комитета;
6.3.7. применяет к работникам Комитета меры поощрения и взыскания в соответствии с законодательством;
6.3.8. распоряжается в пределах утвержденной сметы средствами Комитета;
6.3.9. открывает счета в органах Федерального казначейства;
6.3.10. представляет интересы Комитета в гражданских правовых отношениях, заключает договоры от имени Комитета;
6.3.11. рассматривает представления о награждении и награждает ведомственными наградами;