5.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Дагестан.
5.2. Руководитель имеет заместителей, в том числе одного первого, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Республики Дагестан по представлению руководителя.
5.3. Руководитель:
руководит деятельностью Агентства;
несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Агентство задач, организацию работы Агентства, создание условий по защите государственной тайны в Агентстве;
несет персональную ответственность за состояние антикоррупционной работы в Агентстве;
распределяет обязанности между заместителями;
разрабатывает и вносит на утверждение Правительства Республики Дагестан проект положения об Агентстве, предложения о предельной штатной численности, структуре и фонде оплаты труда Агентства;
в установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Агентства;
утверждает штатное расписание аппарата Агентства в пределах установленных Правительством Республики Дагестан фонда оплаты труда и численности работников;
обеспечивает соблюдение работниками Агентства законодательства о государственной гражданской службе Республики Дагестан, служебной дисциплины, коллективных договоров, правил служебного распорядка, должностных регламентов;
несет ответственность за соблюдение установленного федеральным законодательством и законодательством Республики Дагестан режима защиты конфиденциальной информации, а также информации, отнесенной к государственной, коммерческой, служебной, иной тайне;
утверждает смету расходов на содержание Агентства в пределах средств, предусмотренных законом Республики Дагестан о республиканском бюджете Республики Дагестан на соответствующий финансовый год;
организует профессиональную переподготовку и повышение квалификации работников Агентства;