Перечень подпрограмм определен для достижения целей и выполнения задач в части развития АПК, а именно: увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции и достижения показателей Доктрины по тем направлениям сельскохозяйственного производства, по которым рентабельность недостаточна для их самостоятельного эффективного развития.
Структура и перечень подпрограмм соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные производственные, экономические и социальные сферы АПК: производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое, информационное и финансовое обеспечение, управление реализацией Программы.
Состав подпрограмм рассчитан на комплексное развитие АПК и его основных сфер, получение высокого эффекта в целом по экономике области.