Государственная инновационная политика в республике преследует цель инновационной модернизации экономики на принципах устойчивого развития.
В качестве приоритетных направлений фундаментальных научных исследований Правительством Республики Бурятия и Российским фондом фундаментальных исследований определены:
математическое и информационное моделирование систем и фундаментальных процессов;
изучение современной геодинамики, геохимии, петрологии, геомагнетизма, геофизики, сейсмичности Байкальской рифтовой системы, влияние этих факторов на деятельность человека;
исследование биологических и географических особенностей природных ландшафтов, динамики их изменения, геохимических, радиофизических, метеорологических характеристик Байкальской природной территории;
научные основы создания новых композиционных материалов и покрытий, а также корпускулярных, плазменных и лучевых источников энергии;
рациональное природопользование, разработка моделей устойчивого развития и управления рациональным природопользованием в Байкальском регионе;
исследование изменений климата и экосистем Байкальского региона;
энергоэффективность и энергосберегающие технологии;
биомедицинские технологии;
фундаментальные основы сельскохозяйственных наук;
исследование, моделирование, прогнозирование социально-экономического, демографического, экологического состояния Байкальского региона в целях обеспечения устойчивого территориального развития;
комплексное исследование динамики исторического, социально-экономического и межкультурного взаимодействия в Байкальском трансграничном регионе;
социально-политические процессы в Байкальском регионе;