К основным проблемам в сфере воздушного транспорта относятся:
снижение общего авиационного пассажиропотока, что связано с высокой стоимостью авиауслуг;
потребность в модернизации существующих аэропортов и реконструкции взлетно-посадочных полос;
низкий уровень развития внутреннего авиасообщения;
отсутствие устойчивой и сильной базовой авиакомпании;
изношенность парка воздушных судов местных авиакомпаний.
В сфере воздушного транспорта среди задач ключевыми являются:
расширение внутренней и межрегиональной маршрутной сети авиаперевозок;
развитие современной эффективной инфраструктуры воздушного транспорта, обеспечивающей ускорение движения потоков пассажиров, товародвижения, снижение транспортных издержек в экономике;
строительство и реконструкция аэродромного комплекса аэропорта "Байкал" в г. Улан-Удэ;
восстановление малых аэропортов в отдаленных районах республики, модернизация и реконструкция аэропортов и взлетно-посадочных полос в п. Таксимо и Нижнеангарск;
создание федерального казенного предприятия по управлению аэропортами местных воздушных линий и регионального оператора малой авиации.
Основные проекты развития воздушного транспорта:
развитие воздушного транспорта в республике будет основано на использовании потенциала международного аэропорта "Байкал" с учетом присвоенного статуса, открытого по пятой степени свободы воздушного пространства;