Общая протяженность внутренних водных путей Республики Бурятия, входящих в Перечень внутренних водных путей Российской Федерации, утвержденный распоряжением Правительства Российской Федерации от 19 декабря 2002 года N 1800-р, составляет 1890 км, в том числе озера Байкал - 1224 км, реки Селенга - 274 км, реки Верхняя Ангара - 214 км, реки Баргузин - 138 км, подходов и проток - 40 км.
На территории Республики Бурятия расположен один речной порт - Улан-Удэ.
К основным проблемам в сфере водного транспорта относятся:
практическое отсутствие пассажирских перевозок водным транспортом;
несоответствие уровня состояния объектов инфраструктуры требованиям безопасной эксплуатации;
потребность в строительстве и реконструкции причальных сооружений и инвестиции в водный транспорт.
В сфере внутреннего водного транспорта среди задач ключевыми являются:
возрождение речного судоходства путем приобретения водных судов и реализации программ углубления дна рек;
развитие регулярных пассажирских перевозок водным транспортом и туризма в акватории озера Байкал;
капитально-восстановительный ремонт земснаряда ВС-403 для проведения работ по дноуглублению водных объектов;
строительство и эксплуатация судна-бункеровщика разряда "М" для работ по предотвращению загрязнения водных объектов.