Приоритетной отраслью будет оставаться животноводство, основная цель которого - стабилизация и рост поголовья скота, достижение роста объемов производства мяса, молока, яиц, развитие племенного дела, искусственного осеменения животных, улучшение породных качеств скота, оптимизация рационов кормления животных, внедрение новых технологий.
Для дальнейшего успешного развития отрасли животноводства необходимо стимулирование развития крупнотоварного сельскохозяйственного производства с сохранением традиционного номадного животноводства.
При этом необходимо обеспечить развитие ветеринарной службы (материально-техническое оснащение), так как развитие отрасли животноводства возможно только при сохранении эпизоотического благополучия в республике.
Особое внимание должно быть уделено развитию молочного хозяйства, производству молока и молочных продуктов не только коров, но также коз и лошадей. Козье молоко - ценнейшее дополнение при лечении онкозаболеваний, кобылье молоко - сырье для кумыса, который повышает иммунитет организма к разным заболеваниям, прежде всего, туберкулеза. Обеспечение кумысом больниц, санаториев, детских садов, школьных столовых будет способствовать оздоровлению и увеличению продолжительности жизни населения республики. Прирост молока будет обеспечен за счет совершенствования материально-технической базы кормопроизводства и повышения генетического потенциала животных.
Для сохранения традиционных видов занятости сельского населения прибрежной зоны озера Байкал, сохранения запасов байкальского омуля необходимо развитие товарного рыбоводства, реконструкция рыбоводных заводов в целях искусственного воспроизводства водных биологических ресурсов озера Байкал, в том числе эндемика (байкальского омуля).
Перспективны также направления развития пчеловодства и переработки его продукции.