В пределах заказника расположены водные объекты и их участки (река Вымь и ее притоки), относящиеся к рыбохозяйственным водным объектам высшей категории и являющиеся местами размножения, нагула и миграции ценных видов водных биологических ресурсов (атлантический лосось), нельма, сиг (Coregonus lavaretus)).
Река Вымь и ее притоки входят в систему лососевых рек бассейна Вычегды - крупного притока Северной Двины первого порядка.
Список промысловых рыб реки Вымь включает 20 видов. Нерестилища атлантического лосося расположены в верхнем и среднем течении реки. Там же в силу полугорного характера водотоков наиболее многочисленны и остальные лососевидные рыбы: сиг, европейский хариус, нельма.
В нижнем течении характер рек заказника меняется с полугорного на равнинный. В реке Вымь и ее притоках обитает стерлядь (Acipenser ruthenus) - относится к ценным видам водных биологических ресурсов.
В числе карповых на территории заказника обычны такие виды, как обыкновенная плотва (Rutilus rutilus), елец (Leuciscus leuciscus), язь (Leuciscus idus), гольян речной (Phoxinus phoxinus), лещ (Abramis brama), карась золотой (Carassius carassius), голавль (Leuciscus cephalus) и уклея (Alburnus alburnus). Также присутствует щука (Esox lucius), налим (Lota lota), обыкновенный окунь (Perca fluviatilis) и обыкновенный ерш (Gymnocephalus cernuus).
На территории заказника обитает обыкновенный подкаменщик, который включен в Красную книгу Республики Коми (2009).
Наличие устойчивых популяций ценных промысловых видов рыб позволяет реке Вымь с ее притоками входить в список наиболее значимых, с природоохранных позиций, водоемов Республики Коми.