В рамках реализации Подпрограммы 6 предполагается участие научных организаций (при выполнении научных исследований, консультаций в рамках осуществления мониторинговых наблюдений и подготовки проектов управленческих решений).
Также участниками Подпрограммы 6 являются сельскохозяйственные товаропроизводители; юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие деятельность в сфере АПК.