В рамках реализации Подпрограммы 2 предполагается участие научных организаций (при выполнении научных исследований, консультаций в рамках осуществления мониторинговых наблюдений и подготовки проектов управленческих решений).
Также участниками Подпрограммы 2 являются сельскохозяйственные товаропроизводители, юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие деятельность в сфере АПК.