Ключевую роль в реализации экономического потенциала города имеет развитие транспортной инфраструктуры. Город Якутск является центральным транспортным узлом Республики Саха (Якутия). Основными объектами являются - аэропорты "Якутск" и "Маган", речной порт, основные автомагистрали республики (федеральные "Вилюй", посредством паромных и ледовых переправ "Колыма" и "Лена", региональные "Умнас", "Нам"), автовокзал.
В дальнейшем формирование транспортного узла будет осуществляться на основе терминальной технологии переработки грузов в смешанном и сезонном сообщении. Предполагается реализация проектов по модернизации и строительству транспортной инфраструктуры, создания современной складской и информационно-логистической инфраструктуры в пределах города Якутска (на западе в с. Маган, на востоке - Речной порт, на юге - пос. Табага, собой эти три зоны должны быть связаны объездными путями) и пос. Нижний Бестях.
Городская дорожная система на сегодняшний день не успевает за растущими потребностями города, в результате нагрузка на дорожную сеть увеличивается. Износ существующих дорог производится значительно быстрее, чем выполняемые работы по ремонту и реконструкции улично-дорожной сети, по состоянию на 2017 года протяженность автомобильных дорог общего пользования остается неизменной по сравнению с 2010 годом и составляет 482 км, также неизменным остается показатель доли дорог, соответствующий нормативным требованиям - 75%.
В 2017 году автомобильным транспортом организациями, не относящимися к субъектам малого предпринимательства, и индивидуальными предпринимателями перевезено 6 756,3 тыс. тонн различных грузов (на 80,07% больше чем за 2016 год) (таблица 1.1.7).