Экстремальные природно-климатические условия, повсеместное наличие вечной мерзлоты обусловливают сезонную зависимость, в том числе увеличение сроков производства, сокращение сроков эксплуатации, значительное удорожание затрат в капитальном строительстве, жилищно-коммунальном хозяйстве, ограниченные возможности сельскохозяйственного производства.
Заболачивание территорий вследствие отсутствия единой системы отвода поверхностных вод негативно влияет на качество городской среды и с течением времени, а также в связи с глобальным изменением климата, потенциально может стать основной проблемой города.
Значительное влияние на динамику и структуру населения столицы традиционно оказывает миграция. Население Якутска за период 2000 - 2017 годов увеличилось почти на 46 тыс. чел. за счет миграционного прироста. Сохранение нерегулируемого притока населения в город Якутск сопровождается повышением демографической и экологической нагрузки на территорию городского округа.
Высокий спрос на услуги социальной сферы во многом определяется демографическими тенденциями. Значительная доля численности населения моложе трудоспособного возраста и населения старше трудоспособного возраста, 21% и 15% соответственно, обусловливают необходимость увеличения объемов предоставления социальных муниципальных услуг, что, в свою очередь, требует адекватного увеличения бюджетных ассигнований.
Неразвитость инженерной и социальной инфраструктуры, наличие значительной доли ветхого и аварийного жилья и изношенных коммунальных сетей.
Городская транспортная система на сегодняшний день не успевает за растущими потребностями города, в результате нагрузка на дорожную сеть увеличивается. Износ существующих дорог производится значительно быстрее, чем выполняемые работы по ремонту и реконструкции улично-дорожной сети.
По мнению экспертов, у городского округа "город Якутск" ограничены возможности бюджетного маневрирования поскольку принятые бюджетные обязательства в значительной части имеют социальную направленность. Направляемых из бюджета средств на реализацию инфраструктурных проектов, отвечающих потребностям экономического развития, проектов в сфере образования и науки, то есть в сферы, определяющие перспективный облик экономики города, явно недостаточно. Это требует разработки и внедрения новых подходов в реализацию бюджетно-налоговой, инвестиционно-финансовой и земельно-имущественной политики.