Основными принципами, на основе которых формируется и функционирует ЕЦИС, являются:
полнота, актуальность и достоверность информации, обрабатываемой в ЕЦИС;
адаптируемость состава информационных ресурсов ЕЦИС к изменяющимся требованиям законодательства;
единство используемых терминов, нормативно-справочной информации, системы показателей, регламентов отчетности;
единство стандартов технологий, форматов, протоколов взаимодействия участников создания и эксплуатации ЕЦИС;
информационная безопасность ЕЦИС.