Управление лесами является структурным подразделением Министерства природных ресурсов и экологии Алтайского края. Возглавляет управление лесами заместитель министра природных ресурсов и экологии Алтайского края, начальник управления. В состав управления входят пять отделов центрального аппарата (отдел федерального государственного лесного и пожарного надзора в лесах, отдел охраны и защиты лесов, отдел лесовосстановления и защитного лесоразведения, отдел организации и обеспечения использования лесов, отдел государственного лесного реестра, кадастра и лесоустройства) и 31 территориальный отдел (лесничества).
(в ред. Указа Губернатора Алтайского края от 26.06.2023 N 112)
В центральном аппарате штатным расписанием утверждено 53 единицы государственных служащих, в территориальных отделах - 139 штатных единиц должностей государственных гражданских служащих. Младший обслуживающий персонал - 90 единиц.