Для достижения целей и задач государственной программы предусмотрена реализация трех подпрограмм:
1. Планирование экономического и социального развития территорий Санкт-Петербурга (далее - подпрограмма 1).
2. Сохранение и развитие исторического центра Санкт-Петербурга (далее - подпрограмма 2).
3. Развитие г.Кронштадта (далее - подпрограмма 3).
Подпрограмма 1 направлена на повышение качества и эффективности территориального планирования Санкт-Петербурга, дальнейшее развитие градостроительной политики Санкт-Петербурга, определение приоритетов территориального развития, формирование и развитие территорий, в том числе путем обеспечения их соответствующей градостроительной документацией.
Подпрограмма 2 направлена на создание условий для обеспечения сбалансированного социально-экономического развития исторического центра Санкт-Петербурга и повышения его инвестиционной привлекательности.
Подпрограмма 3 направлена на создание условий для обеспечения сбалансированного социально-экономического развития территории г.Кронштадта (о.Котлин).