Транспортный комплекс является одной из градообразующих и жизнеобеспечивающих отраслей экономики Санкт-Петербурга, выполняет в том числе транзитные функции и занимает особое место в транспортной системе Российской Федерации и Балтийского региона.
Совокупный вклад отраслей транспорта и связи в ВРП в 2016 году составил 13,0% (в 2014 году - 11,6%, в 2015 году - 12,8%). В организациях по транспортировке и хранению в 2017 году были заняты 8,6% от общей численности занятых в экономике Санкт-Петербурга. Организации по транспортировке и хранению в 2017 году обеспечили поступление 7,0% общего объема налоговых поступлений от Санкт-Петербурга в федеральный бюджет и консолидированный бюджет Санкт-Петербурга.
Транспортный комплекс Санкт-Петербурга представлен внешним (морским, железнодорожным, воздушным, водным, автомобильным) и внутригородским транспортом.
Большой порт Санкт-Петербург занимает лидирующие позиции по объему перевалки контейнерных грузов как в Российской Федерации, так и в регионе Балтийского моря, через него проходит 44% всех контейнерных грузов, перегружаемых в морских портах Российской Федерации. В 2017 году на его долю пришлось 6,8% грузооборота морских портов Российской Федерации. В 2014 году был достигнут рекордный в истории Большого порта Санкт-Петербург годовой грузооборот в объеме 61,2 млн. тонн. По результатам 2017 года грузооборот Большого порта Санкт-Петербург вырос по сравнению со значением 2016 года с 48,6 млн. тонн до 53,6 млн. тонн, профицит его мощностей составил 56,6 млн. тонн, в том числе по сухогрузам - 44,9 млн. тонн, по наливным грузам - 11,7 млн. тонн. Большой порт Санкт-Петербург обладает значительным запасом пропускной способности практически по всем видам переваливаемых грузов (в первую очередь, контейнеров и наливных грузов).
В 2015 году в коммерческую эксплуатацию введен многофункциональный морской перегрузочный комплекс "Бронка", пропускная способность которого позволяет обрабатывать 1,9 млн. штук в двадцатифутовом эквиваленте контейнерных грузов и 260 тыс. единиц накатных (ро-ро) грузов в год.
Санкт-Петербургский железнодорожный узел, состоящий из 431,5 км железных дорог, выполняет функции сортировочного центра для внешнеэкономических грузопотоков и предприятий других регионов Российской Федерации, направленных в сторону Финляндии, Прибалтики и портов Балтийского моря, обеспечивает пассажирские перевозки пригородного и дальнего сообщения, в том числе высокоскоростными поездами в направлениях "Санкт-Петербург - Москва" и "Санкт-Петербург - Хельсинки", и включает 5 головных пассажирских станций с городскими вокзалами и 10 радиальных железнодорожных направлений (Балтийское, Витебское, Московское, Волховстроевское, Нарвское, Псковское (Варшавское), Новгородское, Выборгское, Киришское, Приозерское), которые обеспечивают связь Санкт-Петербурга с Москвой, севером и югом России, Уралом, Сибирью, государствами Восточной и Западной Европы, Финляндией и государствами Средней Азии. Большинство железнодорожных вокзалов расположено в центральной части Санкт-Петербурга, что создает предпосылки для развития транспортно-пересадочных узлов на другие виды транспорта.
Основу грузовых перевозок на железнодорожном транспорте в Санкт-Петербурге составляют транзитные навалочные и наливные грузы, такие как уголь, кокс, минеральные удобрения, строительные (нерудные) материалы, нефть, нефтепродукты. Грузовая работа железнодорожного транспорта характеризуется поступательным увеличением доли тяжеловесного движения (увеличение массы состава до 7-13 тыс. тонн и длины состава до 120 вагонов). Северо-западный железнодорожный полигон является одним из самых грузонапряженных и основным полигоном для интенсификации тяжеловесного движения ввиду существующих инфраструктурных ограничений на железнодорожных подходах к морским портам Финского залива.
На грузовом автомобильном транспорте перевозится не менее 70% контейнерных грузов (16,4 млн. тонн), переваливаемых в морских портах Санкт-Петербурга и Ленинградской области. Дополнительно к ним через Государственную границу Российской Федерации в (из) порты (портов) Финляндии и Эстонской Республики транзитом через Санкт-Петербург на грузовом автомобильном транспорте перевозятся генеральные, контейнерные и накатные (ро-ро) грузы, суммарный объем которых составляет около 6 млн. тонн в год.
За последние 10 лет наблюдается увеличение дальности перевозок грузов на автомобильном транспорте: по Санкт-Петербургу на 40%, по Российской Федерации в целом на 55%. Так, в указанный период перевозки строительных и нерудных материалов на плече до 1000 км практически полностью переместились с железнодорожного на автомобильный транспорт.
Воздушный транспорт Санкт-Петербурга представлен крупным авиаузлом - аэропортом "Пулково", который относится к аэропортам федерального значения и обеспечивает воздушное сообщение Санкт-Петербурга с Москвой, а также с другими административными центрами субъектов Российской Федерации (внутренние рейсы) и с городами зарубежных стран (международные рейсы). Также аэропорт "Пулково" обслуживает воздушные перевозки соседних субъектов Российской Федерации - Псковской и Новгородской областей, Республики Карелия. В совокупности на территории, обслуживаемой аэропортом "Пулково", проживает 8,8 млн. человек (6% от общей численности населения Российской Федерации).
Пропускная способность аэропорта "Пулково" составляет 18,0 млн. человек в год. Пассажиропоток аэропорта "Пулково" в 2014-2016 годах снизился с 14,3 млн. пассажиров в 2014 году до 13,5 млн. пассажиров в 2015 году и 13,3 млн. пассажиров в 2016 году.
В 2017 году пассажиропоток вырос по сравнению с 2016 годом на 21,6% и составил 16,1 млн. человек, обеспечив 89% загрузки аэропорта "Пулково". В 2017 году прямое международное воздушное сообщение осуществлялось по 87 направлениям. Наличие современного аэропорта позволяет не только обеспечивать пассажирские и грузовые авиаперевозки, но и способствует привлечению инвестиций, развитию туризма.
Аэродромный комплекс аэропорта "Пулково" сертифицирован на соответствие стандартам III "А" категории Международной организации гражданской авиации (ИКАО) и принимает все типы воздушных судов отечественного и иностранного производства. Пропускная способность аэровокзального комплекса аэропорта "Пулково" в час пик (с учетом пропускной способности зон досмотра, пограничного контроля, регистрации пассажиров) составляет на внутренних и международных рейсах по 2 тыс. человек в час на прибытие и на отправление.
Существенными достижениями в развитии транспортной инфраструктуры стали завершение строительства и последующая эксплуатация кольцевой автомобильной дороги вокруг Санкт-Петербурга (далее - КАД), Западного скоростного диаметра и подходящих к ним магистралей, нового терминала аэропорта "Пулково", пассажирского порта Санкт-Петербурга "Морской фасад", развитие скоростного железнодорожного сообщения с Москвой и Хельсинки.