2.1. Целью организации заказника является сохранение Ахтаро-Гривенской системы лиманов и обеспечение выполнения обязательств Российской Федерации, вытекающих из Конвенции о водно-болотных угодьях, имеющих международное значение главным образом в качестве местообитаний водоплавающих птиц, от 2 февраля 1971 года.
2.2. Задачи заказника:
2.2.1. Сохранение уникальных природных ландшафтов заказника.
2.2.2. Сохранение и восстановление видов животных и растений, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, Красную книгу Краснодарского края, видов, охраняемых в рамках международных соглашений, заключенных между Российской Федерацией и зарубежными странами, а также иных объектов животного мира и среды их обитания.
2.2.3. Охрана и восстановление нерестилищ промысловых видов рыб.
2.2.4. Поддержание необходимого экологического баланса и стабильности функционирования экосистем.