3.1. На территории заказника режим особой охраны установлен в соответствии с материалами "Комплексное экологическое обследование природной территории, обосновывающее изменение границ, площади, категории, функционального зонирования государственного природного комплексного заказника регионального значения "Лотос", получившими положительное заключение экспертной комиссии государственной экологической экспертизы N 138, утвержденное приказом министерства природных ресурсов Краснодарского края от 17 июня 2015 года N 33-ЭК.
3.2. На всей территории заказника запрещается деятельность, влекущая за собой изменение исторически сложившегося природного ландшафта, снижение или уничтожение экологических, эстетических, рекреационных и биологических качеств территории, а также иные виды деятельности, не предусмотренные законодательством Российской Федерации и Краснодарского края, в том числе:
3.2.1. Перепрофилирование сложившихся к моменту организации заказника направлений хозяйственно-производственной деятельности землепользователей, за исключением случаев, когда перепрофилирование будет способствовать снижению негативного воздействия на территорию заказника.
3.2.2. Самовольная деятельность, влекущая за собой изменение гидрологического режима территории (перекрывание естественных и искусственных водотоков, рытье новых и расширение существующих каналов, углубление дна водотоков и естественных водоемов).
3.2.3. Пользование объектами животного и растительного мира, отнесенными в установленном порядке к редким и находящимся под угрозой исчезновения, за исключением пользования, осуществляемого с целью изучения, исследования и иного использования в научных, культурно-просветительных, воспитательных, эстетических целях без изъятия их из среды обитания.
3.2.4. Охота (за исключением охоты в целях регулирования численности охотничьих ресурсов), уничтожение или повреждение жилищ и убежищ (гнезд, нор, дупел и иных), среды обитания диких животных.
3.2.5. Через 3 года после принятия Положения о заказнике использование плавательных средств с двигателями внутреннего сгорания мощностью более 30 л.с. на акватории лиманов, озер, рек, ериков и каналов, кроме: уполномоченных органов, обеспечивающих охрану и функционирование ООПТ, и подведомственных им государственных учреждений, органов, обеспечивающих контрольные и надзорные функции в соответствии с действующим законодательством, в случаях предотвращения и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, поисково-спасательных работ и разрешенных работ, связанных с промыслом водных биоресурсов, за исключением акватории Азовского моря.
3.2.6. Нахождение на территории заказника с оружием, капканами и другими орудиями добывания охотничьих ресурсов, кроме случаев регулирования численности охотничьих ресурсов.
3.2.7. Сбор зоологических, ботанических, минералогических коллекций и палеонтологических объектов без согласования с уполномоченным органом.
3.2.8. Сжигание естественной растительности и пожнивных остатков.
3.2.9. Засорение и захламление территории и акватории.
3.2.10. Проведение взрывных работ.
3.2.11. Сброс неочищенных вод на поверхность земли, в лиманы и водотоки, за исключением сбросных вод рисовых систем.
3.2.12. Осуществление авиационных мер по борьбе с вредителями и болезнями растений (кроме случаев отсутствия возможности применения наземной техники при возникновении эпифитотий или иных естественных природных явлений, связанных со вспышками численности вредителей).