Основными целями подпрограммы 3 являются снижение материнской, младенческой, детской смертности.
В рамках этих целей будут реализовываться следующие задачи:
развитие специализированной медицинской помощи матерям и детям;
совершенствование и развитие пренатальной и неонатальной диагностики, неонатальной и фетальной хирургии;
снижение уровня первичной инвалидности у детей;
профилактика и снижение количества абортов;
увеличение охвата трехэтапной химиопрофилактикой пар "мать - дитя" в целях предотвращения вертикальной передачи ВИЧ-инфекции.