Список флоры включает 2188 видов растений, относящихся к 137 семействам. В нем присутствуют виды растений аборигенной (1888 видов, из 595 родов и 124 семейств) и адвентивной (300 видов) фракций флоры. Основу флоры составляют покрытосеменные растения - 1814 видов, из них на двудольные приходится 1367 видов (72,4%). Сосудистые споровые растения (хвощи, плауны, папоротники) представлены 65 видами из 21 рода и 18 семейств. Наибольшее число видов имеет род Equisetum (9 видов), из папоротников наиболее разнообразно представлены роды Athyrium, Cystopteris, Gymnocarpium, Dryopteris, Woodsia, имеющие по 5 видов растений.
В силу экранирующего влияния низкогорного Салаира и гор Алтая, природные зоны имеют субмеридиональную направленность. В предгорьях Алтая общую широтную параллельность лесостепной и степной зон и подзон нарушает высотная поясность. Поясность передовой части Алтайских гор зависит от секторного положения территории.
В соответствии с приказом Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации от 18 августа 2014 N 367 "Об утверждении перечня лесорастительных зон Российской Федерации и Перечня лесных районов Российской Федерации" на территории Алтайского края выделено 2 лесных района, входящих в 2 лесорастительные зоны - лесостепной и южно-сибирской горной зоны.
Лесостепная зона:
1) Западно-Сибирский подтаежно-лесостепной район; Алтае-Новосибирский район лесостепей и ленточных боров.
(в ред. Указа Губернатора Алтайского края от 11.01.2023 N 2)
Южно-Сибирская горная зона:
2) Алтае-Саянский горно-таежный район.
Ведущий тип растительности - леса. В пределах степной и лесостепной зон края он представлен сосновыми лесами с Pinus sylvestris. Это ленточные и островные боры, боры собственно Кулунды и правобережья Оби, северных предгорий Алтая. На территории Обь-Иртышского междуречья имеется пять выраженных боровых лент: самая северная - Бурлинская или Алеусская, южнее ее на 90 км - Прослаухо-Корниловский отборок и Кулундинская лента, еще ниже на 30 км от Кулундинской - Касмалинская и Барнаульская ленты. Бурлинская и Кулундинская ленты простираются на 100 км от реки Оби до Кулундинской депрессии, расположенной в центре Обь - Иртышского междуречья. Следующие две ленты - Касмалинская и Бурлинская начинаются в древней пойме реки Оби и узкими параллельными лентами тянутся почти 400 км к юго-западу. На границе Алтайского края и Республики Казахстан эти ленты сливаются с. Локтевской, образуя обширный остров лесов (Сростинский бор), а затем в виде своеобразной дельты древней реки доходят до Иртыша, где сливаются с его террасовыми песками. Ширина лощин древнего стока различна: 6 - 8 км - на севере, 20 - 60 км - на юге, в месте их слияния. В северной части ленточных боров произрастают сосняки, а березняки - в колках. На юге они представляют собой крупные сосновые массивы. Березовые колки встречаются редко.
В горах развиты лиственничные, березово-лиственничные и кедровые леса, темнохвойная тайга, еловые заболоченные леса долин рек. Черневые леса в пределах Салаирского рефугиума - чернь с участием липы сибирской. Широко распространены березовые и осиновые леса, представленные разнообразными группами ассоциаций, а также по прирусловым частям речных долин ивовые и тополевые леса.
Степная растительность представлена луговыми, настоящими и сухими степями. Характерное явление настоящего времени - наличие вторичных степей, развившихся на месте суходольных лугов, на залежах, на участках сведенных лесов, до деградированным первичным степям. Для Северной Кулунды и Приобского плато типичны разнотравнозлаковые луговые степи, которые здесь часто находятся в комплексах с галофитными группировками. Более мезофитный характер имеют луговые степи правобережной лесостепи. Они распространены также и по террасам р. Обь и широко представлены в полосе предгорий и низкогорий Алтая. На крутых и щебнистых склонах луговые степи замещаются петрофитными луговыми, а на мелкосопочниках - кустарниковыми степями. Эдафогенным вариантом настоящих степей являются псаммофитные степи, встречающиеся на слабо облесенных песчаных массивах, по опушкам сосновых боров и на песчаных почвах. На юге степной зоны фрагментами встречаются сухие степи. В предгорьях и низкогорьях широко представлены настоящие степи, среди которых преобладают дерновинно-злаковые и их петрофитные варианты.
Большие площади в крае занимает луговая растительность. В предгорьях и низкогорьях Алтая и Салаира распространены низкогорные луга. Высокогорные луга характерны для Тигирекского и Коргонского хребтов. В долинах крупных рек развиты пойменные луга.
Солончаковая растительность выражена на мокрых солончаках около озер, в большинстве случаев она входит в состав луговых и степных комплексов, образуя лишь пятна в их составе.
Кустарниковая растительность имеет как первичное, так и вторичное происхождение и на территории края представлена мезофильными кустарниками (ценозы с Lonicera tatarica, Caragana arborescens, Rosa sp.); степными кустарниками (ценозы с Spiraea hypericifolia, Caragana frutex); долинными сообществами - ивняками, облепишниками, зарослями курильского чая, и сибирки алтайской; в горах - ерниками (Betula rotundifolia), ивняками (Salix glauca, S. krylovii, S. vestita) и арчовниками (Jimipems pseudosabina, J. sibirica) и др.