На западном макросклоне Полярного Урала, в окрестностях озера Большая Лагорта, сосредоточены ключевые биотопы, в которых произрастают редкие виды растений и лишайников. Среди них 17 видов сосудистых растений, 1 вид листостебельных мхов, 7 видов лишайников, занесенных в Красную книгу Республики Коми. Популяции 7 видов сосудистых растений, 1 вида мохообразных, 2 видов лишайников нуждаются в постоянном контроле численности.
На территории заказника в составе фаунистических комплексов беспозвоночных животных обитает вид булавоусых чешуекрылых и один вид жуков, занесенных в Красную книгу Республики Коми.
Особую ценность в ихтиофауне озера Большая Лагорта (Большая Лохорта) представляет вид Красной книги Республики Коми - хариус сибирский (Thymallus arcticus) и его гибриды с хариусом европейским (Thymallus thymallus).