Элементы природного ландшафта - рельеф и водные объекты, влияющие на характер сложившейся планировочной структуры:
особенности палеорельефа - выраженная протяженная гряда коренного правого берега реки Вологды, пересекающая город с северо-запада на юго-восток по направлению современных улиц: Бурмагиных, улицы Сергея Орлова, Советского проспекта;
река Вологда, являющаяся основной городской композиционной осью;
местоположение, рельеф, травяное покрытие пойменного луга на правом берегу реки Вологды напротив Ансамбля Спасо-Прилуцкого монастыря, XV - XVIII в.,и церкви Николы на Валухе, 1755 г., в пределах территории бассейна восприятия Ансамбля Спасо-Прилуцкого монастыря, XV - XVIII в. и церкви Николы на Валухе, 1755 г.;
местоположение, русла, поймы, естественные склоны, зеркало воды, природных и искусственно созданных водных объектов - Кайсарова ручья (сохранившийся фрагмент), Хрулева ручья, реки Пудежки, реки Золотухи, прудов в Кремлевском саду;
местоположение, зеркало воды искусственно созданного водного объекта: пруда в парке Ветеранов труда.