Источниками финансирования Программы являются федеральный бюджет, бюджет Республики Крым, внебюджетные источники. На финансирование Программы предполагается направить средства в сумме 3006371,841 тыс. руб., в т.ч.:
федеральный бюджет - 803363,8 тыс. руб. (2018 г. - 265728,1 тыс. руб., 2019 г. - 269614,35 тыс. руб., 2020 г. - 268021,35 тыс. руб.);
бюджет Республики Крым - 2084408,041 тыс. руб. (2018 г. - 812157,041 тыс. руб., 2019 г. - 659735,4 тыс. руб., 2020 г. - 612515,6 тыс. руб.);
внебюджетные средства - 118600,0 тыс. руб. (2018 г. - 32160,0 тыс. руб., 2019 г. - 80340,0 тыс. руб., 2020 г. - 6100,0 тыс. руб.).
Объем финансирования Программы за счет средств федерального бюджета и бюджета Республики Крым ежегодно уточняется в соответствии с Федеральным законом о федеральном бюджете на соответствующий финансовый год и законом Республики Крым о бюджете Республики Крым на соответствующий финансовый год. Объем финансирования в разрезе мероприятий Программы представлен в приложении 5 к Программе.