На Департамент возлагается исполнение следующих задач:
2.1. Обеспечение реализации государственной политики в сфере рационального использования запасов водных биологических ресурсов (далее - ВБР) на региональном уровне.
2.2. Повышение конкурентоспособности рыбохозяйственного комплекса Магаданской области (далее - рыбохозяйственный комплекс).
2.3. Улучшение инвестиционного и инновационного климата в рыбохозяйственном комплексе Магаданской области для развития предпринимательства, кооперации и финансового оздоровления отрасли.
2.4. Участие в разработке и реализации государственных программ Магаданской области по сферам деятельности, отнесенных к ведению Департамента.
2.5. Содействие проведению научно-технической политики и технической модернизации в рыбохозяйственном комплексе.
2.6. Обеспечение участия в организации использования ВБР, отнесенных к ведению Российской Федерации и совместному ведению Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, организация использования ВБР, выделяемых Магаданской области.
2.7. Разработка и информационное обеспечение краткосрочных и долгосрочных прогнозов развития рыбопромышленного комплекса Магаданской области в рамках развития рыбопромышленного комплекса Дальневосточного бассейна.
2.8. Содействие развитию конкуренции на соответствующих товарных рынках.