Создание инновационной системы Магаданской области и ее успешная эксплуатация требует мобилизации значительных финансовых ресурсов, в том числе бюджетных средств. Для этого в рамках областной целевой программы "Инновационное развитие Магаданской области в 2009-2013 годах" с объемом финансирования 11,5 млн руб., реализуются мероприятия в сфере нормативно-правового регулирования, развития организационной и информационно-аналитической инфраструктуры инновационной деятельности, поддержки инновационных проектов, кадрового обеспечения инновационной деятельности, а также по реализации молодежной инновационной политики.
В 2013 году администрацией Магаданской области было уделено внимание разработке инновационной политики, предусматривающей создание инновационной инфраструктуры и развитие инновационного предпринимательства для реализации интеграционных процессов во внедрении инноваций и активного вовлечения в них образовательных и научных центров, а также предпринимательских структур.
Наметилась определенная положительная тенденция во внедрении модернизационных и инновационных решений в отраслях региональной экономики.
В настоящий момент Магаданская область занимает второе место в Дальневосточном федеральном округе по количеству инновационных организаций. Доля инновационных товаров, работ и услуг составляет 3,7% в общем объеме отгруженных товаров, работ и услуг и является максимальной на Дальнем Востоке. Уровень инновационной активности организаций, осуществляющих технологические инновации в Магаданской области составил 26%, организационные - 16%, маркетинговые - 4%.
Инновационные разработки с успехом применяются в добывающей отрасли, энергетике и связи, компьютерных технологиях.
В Магаданской области уже сложилась региональная инновационная система, которая представляет собой совокупность взаимодействующих субъектов инновационной деятельности, в состав которой входят 8 образовательных и научных центров, 42 предприятия, включенные в Реестр субъектов инновационной деятельности, а также региональную инновационную инфраструктуру, включающую в себя НП "Северо-Восточный центр интеллектуальной собственности", Инновационно-технологический центр горной отрасли в СВКНИИ ДВО РАН, ООО ОКБ "Инновационные разработки", ООО "Магаданское агентство содействия инновациям", Лабораторию стратегических и инновационных исследований в Северо-Восточном государственном университете, Магаданский региональный фонд содействия развитию предпринимательства, Представительство федерального Фонда содействия развитию предприятий в научно-технической сфере в Магаданской области (Фонда Бортника).
Благодаря деятельности НП "Северо-Восточный центр интеллектуальной собственности" выросла активность в области создания объектов интеллектуальной собственности. В 2012 г. рост подачи заявок в Роспатент составил уже 23,5% к 2011 году. Было подано 5 заявок на изобретения, 5 - на полезную модель, 8 - на товарные знаки, а также получено 3 патента на изобретения. В этом же году впервые в регионе организовано проведение мероприятий, посвященных Дню изобретателя и рационализатора, в рамках которых проведен семинар на тему "Проблемы патентования и использования прав на объекты интеллектуальной собственности" и отмечены грамотами губернатора Магаданской области лучшие изобретатели Магаданской области.
Развитию интеграционных механизмов инновационной деятельности в регионе послужила разработка инновационных проектов и создание проектных команд.
Ежегодно увеличивается количество инновационных проектов, представляемых на областные конкурсы научно-исследовательских работ студентов, аспирантов и молодых ученых "Инновация".
С 2012 года регион принял участие в программах У.М.Н.И.К. и С.Т.А.Р.Т. Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере. Фондом аккредитован I Инновационный молодежный форум Магаданской области в ноябре 2012 года, на презентационной площадке которого было представлено 15 проектов для программы У.М.Н.И.К., получено 5 грантов Фонда на проведение научных исследований по темам инновационных проектов.
Ежегодно увеличивается количество инновационных проектов, представляемых на областные конкурсы научно-исследовательских работ студентов, аспирантов и молодых ученых "Инновация". В 2013 году было уже 24 таких проекта.
В регионе также ведется подготовка кадров для инновационной экономики, в Северо-Восточном государственном университете в 2012 г. состоялся третий выпуск специалистов Президентской программы подготовки управленческих кадров по новому направлению "Менеджмент в сфере инноваций", тип "Инновационный малый бизнес".
Результаты проводимой инновационной политики повлияли не только на инновационную активность хозяйствующих субъектов и результаты их деятельности, а также отразились и на росте инвестиционной привлекательности региона, Магаданская область вошла в первую десятку регионов по значению сводного индекса ситуации в экономике, банковской - финансовой и социальной сфере.
Однако существуют и определенные трудности в реализации инновационных целей региона. Так, инновационное развитие отраслей региональной экономики сдерживается из-за недостаточно высокого показателя использования результатов интеллектуальной деятельности.