Министерство осуществляет свою деятельность во взаимодействии с федеральными органами государственной власти и их территориальными органами, органами государственной власти области, иными государственными органами, органами местного самоуправления области и организациями.
Министерству подведомственны:
1. 17 новгородских областных автономных учреждений - лесхозов (далее НОАУ). НОАУ являются специализированными учреждениями, созданными для выполнения работ по тушению лесных пожаров и осуществлению мер пожарной безопасности в лесах, расположенных на землях лесного фонда;
2. 20 государственных областных казенных учреждений:
Государственные областные казенные учреждения - лесничества (далее лесничества), в количестве 18 единиц. Целью деятельности лесничеств является обеспечение реализации предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий министерства природных ресурсов, лесного хозяйства и экологии Новгородской области в сфере лесных отношений на подведомственной территории;
Государственное областное казенное учреждение "Центр лесного хозяйства и регионального диспетчерского управления";
Государственное областное казенное учреждение "Региональный центр природных ресурсов и экологии Новгородской области".
Состав подведомственных Министерству учреждений приведен в таблице 5.4.1.