ЕЦИС предусматривает возможность взаимодействия (в том числе с использованием системы межведомственного электронного взаимодействия) с:
автоматизированной системой управления бюджетным процессом, в том числе подсистемой формирования консолидированной бюджетной и произвольной отчетности;
Государственной информационной системой о государственных и муниципальных платежах;
соответствующими информационными системами налоговых органов, Государственного учреждения - Отделения Пенсионного фонда Российской Федерации по Чувашской Республике - Чувашии, Государственного учреждения - регионального отделения Фонда социального страхования Российской Федерации по Чувашской Республике - Чувашии, Территориального органа Федеральной службы государственной статистики по Чувашской Республике, кредитных организаций.