Основные проблемы в области развития предпринимательства связаны в первую очередь с низким качеством взаимодействия бизнеса, власти и общества.
Несмотря на сравнительную развитость основных институтов, непосредственно и косвенно связанных с развитием предпринимательства, взаимодействие между ними пока оценивается как неэффективное.
Региональная и муниципальная власть без участия и включенности бизнеса не способна в полной мере управлять развитием экономики и территории, обеспечивать реализацию прорывных проектов.
Обладающий наибольшими ресурсами крупный и средний бизнес (за редким исключением) практически не участвует в решении вопросов и реализации проектов, связанных с развитием предпринимательства в регионе.
Малое и среднее предпринимательство, на котором в существенной степени сосредоточена государственная поддержка бизнеса, находится в ситуации хронического дефицита ресурсов, необходимых для развития.
Общественный сектор и НКО недостаточно активны в формировании реальной повестки развития, плохо выполняют представительские функции, слабо вовлечены в социальное предпринимательство.
Неразвитость государственно-частного и муниципально-частного партнерства создает почву для бюрократизма и инертности власти, плохого межведомственного взаимодействия органов государственной власти.
Наличие мощных неформальных олигополий, недостаточная защищенность независимого бизнеса.
Неразвитая кооперация бизнеса. Недостаточное использование потенциала синергии ключевых комплексов и отраслей.