Экстремальные природно-климатические условия, наличие вечной мерзлоты обусловливают сезонную зависимость, в том числе увеличение сроков производства, сокращение сроков эксплуатации, значительное удорожание затрат в капитальном строительстве, жилищно-коммунальном хозяйстве, ограниченные возможности сельскохозяйственного производства.
Сырьевая экспортно ориентированная модель экономики: доля промышленного производства в структуре ВРП составляет 54,3 процента, более 86 процентов объема промышленного производства приходится на добычу полезных ископаемых.
Неразвитость транспортной инфраструктуры. Только 8,7 процента территории имеет круглогодичную транспортную доступность, где проживает 16 процентов населения республики. Из 586 сельских населенных пунктов только 322 (55 процентов) имеют связь по дорогам с твердым покрытием с сетью дорог общего пользования, 22 процента дорог в регионе отвечает нормативным требованиям, тогда как в среднем по стране и Дальневосточному федеральному округу - более 50 процентов. Дороги с сезонной эксплуатацией, низкой грузоподъемностью и ограниченной пропускной способностью составляют 92 процента. Велика протяженность внутренних водных путей - 16,5 тысяч км, при этом гарантированной глубиной для судоходства обладают не более 50 процентов водных путей.
Высокий износ объектов электроэнергетики - 66 процентов. Зона централизованного энергоснабжения состоит из трех энергорайонов - Западного, Центрального и Южно-Якутского. Централизованным электроснабжением охвачено 36 процентов территории республики, где проживает 85 процентов населения.
Зона действия автономной энергетики охватывает площадь 2,2 млн. кв. км (64 процента) с 15 процентами проживающего в республике населения. Основная часть мощности автономных электростанций (около 200 МВт) расположена на территории Северного энергорайона.
Кроме того, электроснабжение административного центра Нижнеколымского улуса (района) поселка Черский и ряда населенных пунктов Оймяконского улуса (района), крупнейшим из которых является поселок Усть-Нера в восточной части республики, осуществляется от Чукотской и Магаданской энергосистем соответственно.
Неразвитость инженерной и социальной инфраструктуры, наличие значительной доли ветхого и аварийного жилья (17,6 процента на конец 2017 года) и изношенных коммунальных сетей (износ 50,7 процента на конец 2017 года).
Ограниченная пропускная способность существующей телекоммуникационной инфраструктуры связана с отсутствием наземных каналов связи в отдаленных и труднодоступных населенных пунктах. Использование спутниковых каналов связи является безальтернативным ввиду географических особенностей. Высокие тарифы на услуги аренды частотно-энергетических ресурсов спутников связи обусловливают высокие тарифы на услуги доступа к информационно-телекоммуникационной сети Интернет и отсутствие безлимитных тарифных планов в большинстве населенных пунктов республики.
Очаговый характер расселения. Продолжающийся миграционный отток. С 1990 года рост численности населения республики за счет внешней миграции прекратился и начался отток населения. За 27 лет общая убыль населения за счет миграционного оттока составила 317,2 тысяч человек. В этот же период для республики стала характерной внутренняя миграция из сельской территории в города, которая затрагивает почти все районы Республики Саха (Якутия). В Республике Саха (Якутия) насчитывается 372 населенных пункта с численностью населения до 500 человек, из них в 44 населенных пунктах зафиксирована нулевая численность.
Углубление пространственного дисбаланса, дифференциация социально-экономического развития муниципальных образований. На промышленные районы (Алданский, Ленский, Нерюнгринский, Нюрбинский, Оймяконский и Мирнинский) и город Якутск приходится 92 процента отгруженной продукции и выполненных работ. На арктические и северные районы приходится лишь 3 процента. Наблюдаются дисбаланс в экономическом развитии, значительный разрыв между арктическими и остальными районами республики по уровню социально-экономического развития.
Около 35 процентов населения проживает в сельской местности, при этом происходит отток населения из сельской местности, обусловленный недостаточностью развития социальной, транспортной, информационной инфраструктуры в сельских районах, что может привести к росту расходов бюджетов на содержание инфраструктуры данных населенных пунктов. Низкое качество среды жизни: централизованным отоплением обеспечено 25,5 процента жилого фонда сельской местности, водопроводом - 6,4 процента, канализацией - 7,7 процента, уровень газификации - 21,3 процента.
Вся территория Республики Саха (Якутия) находится в зоне рискованного земледелия, товарное растениеводство возможно лишь в ее южных районах, посевная площадь которых занимает 49,7 процента от всей посевной площади по республике.
Дисбаланс концентрации трудовых ресурсов в отраслях с низкой добавленной стоимостью и инвестиций. Доля занятых в сельском хозяйстве, жилищно-коммунальном хозяйстве, бюджетной сфере составляет 52,1 процента. 46,2 процента ВРП производит 11,2 процента занятых в добыче полезных ископаемых.
Недостаточный уровень менеджмента, неэффективность существующей системы управления.