Географические особенности республики обусловили развитие, в основном, двух видов транспорта: автомобильного (более 90% всех видов перевозок) и авиационного (пассажирские и почтовые перевозки) через аэропорт г. Горно-Алтайск. Железнодорожный транспорт отсутствует. Общая протяженность внутренних судоходных водных путей - 138 км (0,6% общей протяженности водных путей в СФО или одно из последних, 12-е место в СФО).
Сеть автомобильных дорог в Республике Алтай представлена федеральной и территориальными автомобильными дорогами.
Общая протяженность автодорог по данным Росстата на конец 2017 года составила 6163,5 км, в том числе с твердым покрытием - 4552,4 км:
540 км приходится на дорогу федерального значения М-52 "Чуйский тракт" (техническая категория - II и III, является частью азиатского маршрута AH4 (Новосибирск - Бийск - Ярантай (Монголия) - Урумчи - Исламабад - Карачи);
988,6 км - это дороги регионального значения;
2634,9 км - местного значения.
Все 10 районных центров Республики Алтай связаны с республиканским центром дорогами с твердым покрытием, 223 сельских населенных пункта имеют дороги с твердым покрытием до сети дорог общего пользования. Обеспеченность автомобильными дорогами с твердым покрытием в республике на 21% ниже, чем в среднем по стране, но на треть выше, чем в среднем по Сибирскому федеральному округу (49 км против 36 км на 1000 км2 территории).